Після того, як підземна вода містить залізо (марганець) або додає окислювач, іони заліза (марганець) у воді починають окислюватися, коли вода тече через фільтр марганцевого піску, у фільтрі відбувається реакція окислення контакту та біохімічний ефект поверхні фільтра та фізичне утримання адсорбції, щоб видалити осадки іонів заліза (марганець) у воді. Особливо в процесі обробки мікрозабруднених підземних вод, що містять марганець, залізні бактерії можуть не тільки ефективно видаляти залізно-марганець, але й використовувати аміак у воді як джерело поживних речовин, обмін речовин, за участю інших бактерій, а також досягти ефекту азоту з аміака.